C'est aussi une question de contexte. C'est le même son, mais selon le contexte (la gamme dans lequel tu es) ça sera noté différemment.
Ceci dit, autrefois c'était pas tout à fait le même son, mais on va s'en tenir à la gamme tempérée.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Enharmonie
http://fr.wikipedia.org/wiki/G(...)3%A9e
Et pour compliquer :
http://fr.wikipedia.org/wiki/I(...)piano
Un petit diagramme que je m'étais fait pour visualiser les notes (du moins les 12 première frettes) d'une guitare par rapport au piano. On ne voit pas très bien, je ne retrouve pas l'original malheureusement. Mais on peut voir comment les même notes se superposent, et leur correspondance au piano :
