Ben surtout, quoiqu'il arrive il te faut une BONNE carte son. Là tu nous listes la guitare, l'ampli et les deux pédales mais pas la carte son.
Si tu branches dans la carte son intégrée du PC tu n'auras jamais un son correct :
beaucoup de bruit, de la latence à pleurer, des niveaux d'entrée pas adaptés à une préamplification (sauf si tu as une entrée Line), etc ...
Donc quelle que soit la méthode que tu choisis, commence par choisir ton interface d'entrée. Les externes USB sont peu chères et pratique à utiliser mais tu as aussi des cartes PCI pour les tours, du firewire si tu as ça.
Après honnêtement avant l'USB2 les cartes USB c'était pas bien mais maintenant tu as tout ce qu'il te faut avec ces cartes et c'est les plus pratiques à utiliser à mon gout (mais bon, les gouts et les couleurs, hein ? :p )
Ensuite le choix entre direct dans la carte puis modélisation ou repiquage de l'ampli (regarde les micros SM57 ou leurs copies par exemple) les deux fonctionneront.
J'ai envie de dire que maintenant ça dépend surtout de comment tu aimes bricoler : si tu aimes le son de ta guitare et de ton ampli (et de tes effets) que tu es à l'aise plus avec ça et avec le réglage de ce setup, alors vas y prend un micro (ou plus si tu veux bricoler) et tu le places comme tu veux (tu joueras avec ça après) et t'es parti
Si t'es plus à l'aise avec bricoler sur le PC ben, tu branches ta gratte tu appliques ton effet, tu joues, et si ça te va pas tu peux toujours modifier l'effet a posteriori.
Les deux sont bien (et honnêtement, complémentaires) donc si tu veux en choisir une absolument, fais selon ton feeling mais bon, la différence, une fois la carte son achetée, obligatoire pour les deux) la différence, vu que t'as déjà tout le reste du matos, c'est d'acheter un micro et un pied de micro ...