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La domination française exercée après l'invasion de 1798, réforme la Suisse en la transformant en un État unitaire appelé République helvétique. En effet, devant les troubles intérieurs incessants, Napoléon impose l'Acte de Médiation en 1803, par lequel il crée plusieurs nouveaux cantons (Vaud, Tessin, Argovie, Thurgovie et Saint-Gall devenant alors des cantons à part entière). Dans le même temps, il intègre au Premier Empire la principauté de Neuchâtel, remise au maréchal Louis-Alexandre Berthier, ainsi que les républiques de Genève, annexée au département du Léman depuis 1798, et du Valais qui devient en 1810 le département du Simplon.