C'est en 1962 que sort la Jaguar, une nouvelle guitare électrique Fender qui s'inspire de la Jazzmaster apparue elle 4 ans plus tôt. Les deux guitares connaitront des destins assez similaires avec des périodes de succès avant d'être complétement retirées du catalogue à la fin des années 70 pour revenir finalement dans les années 80 et 90 avec l'émergence du punk, du rock indépendant et alternatif avec des guitaristes qui cherchent à se différencier de l'establishment représenté par la Stratocaster et la Telecaster chez Fender et dont les prix sur le marché de l'occasion s'envolent. La Jaguar et la Jazzmaster répondent parfaitement aux besoins du marché, y compris ceux du jeune Kurt Cobain qui sera honoré à titre posthume d'un modèle signature, fabriqué au Mexique et qui sera la seule Jaguar disponible en droitier et en gaucher.
Revenons-en à la Jazzmaster qui, comme son nom le sous-entend, a été conçue par Leo Fender pour les joueurs de jazz. Mais ce sont finalement les adeptes du Surf Rock qui l'adopteront et c'est sur cette même vague que surfe la Jaguar qu'on retrouvera rapidement dans les mains de Carl Wilson des Beach Boys. Les premières publicités pour la Jaguar sont d'ailleurs toutes mises en scène sur des plages avec des filles en bikini.
La Jaguar est considérée dans ses premières années comme la guitare la plus sophistiquée de chez Fender, titre qu'elle reprend encore une fois à la Jazzmaster, Leo Fender essayant à chaque modèle d'apporter plus de choix, de sons et d'outils aux guitaristes. On retrouve ainsi le même corps asymétrique au design moderne, le vibrato flottant et le système de sélection de circuits à double tonalité pour une grande polyvalence tonale. La Jaguar reçoit une nouvelle configuration de micros à simple bobinage dont le format a été également réduit alors que la puissance a elle augmenté. Des plaques chromées assurent à la fois un look premium ainsi qu'un blindage contre les bruits parasites et le larsen parfois rencontré sur la Jazzmaster, l'un des principaux défauts relevés par les jazzmen de l'époque.
Autre différence au niveau électronique avec 3 nouveaux contrôles qui sont positionnés sur la corne inférieure qui permettent de désactiver l'un ou l'autre des 2 micros et offrent également un filtre coupe bas qui ajoute un condensateur supplémentaire dans la chaîne du signal. Pour rappel les contrôles de la corne supérieure permettent d'enclencher le circuit Lead ou Rythm, les deux roulettes ajustant la tonalité de chacune des 2 configurations.
Le manche en érable a été repensé et redimensionné avec un diapason raccourci qui passe ainsi à 24" (soit 60,96 cm) pour la Jaguar contre les 25.5" (64,77 cm) de la Jazzmaster ce qui en fait une guitare pratique pour les plus petits gabarits ou les guitaristes aux petites mains.
Toutes ces améliorations ont un coût et font que la Jaguar n'est pas une guitare aussi populaire à l'époque que les éternelles Telecaster et Stratocaster, des guitares qui sont bien plus simples à fabriquer et dont la renommée éclipse les nouveaux modèles de Fender. Quand en 1965 Leo Fender revend son entreprise au groupe CBS, la qualité des guitares s'en ressent car CBS met l'accent sur la rentabilité avant tout. Ils finiront par discontinuer la Jaguar en 1975 et il faudra attendre l'ouverture de l'usine Fender au Japon avant de revoir des Jaguar au catalogue Fender dans ce qu'on appelle les Reissue, c'est à dire des copies des guitares des années 60. La Jaguar a également été déclinée dans différentes séries, en Classic Player avec micros simples et micros à double bobinage, Modern Player, Pawn Shop et encore Blacktop plus récemment. Une version Baritone mélange de la Jaguar et de la Bass VI a même vu le jour affichant un diapason de 28.5" (soit 72,39 cm) ainsi que la Jaguar Bass, et enfin le modèle 50ème anniversaire en Thinline avec un corps semi-creux.
Aujourd'hui si la Jaguar a mis plus de temps à trouver son public, elle fait dorénavant partie des modèles phares de l'histoire de Fender. Sa polyvalence n'est plus à démontrer quand on constate qu'elle s'est retrouvée dans des groupes aux styles variés tels que Sonic Youth, les Beach Boys, Nirvana ou encore Tom Verlaine et Johnny Marr, ce dernier qui comme Cobain sera honoré d'un modèle signature.