La solution de bourrin si ça ne marchait vraiment pas avec Cubase pour une raison ou une autre, c'est de demander à Cubase de lire la piste Audio, tout en demandant en même temps à Audacity (par exemple) d'enregistrer la sortie stéréo de la carte son. Ainsi Audacity enregistre exactement ce que Cubase lit, et il ne reste plus qu'à lui demander de l'exporter en MP3.
Maintenant, c'est un peu se compliquer la vie pour rien si ça fonctionne bien avec Cubase.