il y a une explication, et même plusieurs.
1) quand tu joues les notes séparément, tu n'appuies pas de la même façon. il suffit que tu aies un tirant faible, des frettes jumbo, et que tu plaques un accord de façon inconfortable pour fausser le mi joué sur la corde de ré.
2) la gamme tempérée n'est pas une gamme "juste". les notes que l'on joue ne sont pas calées sur des fréquences entières (à part les harmoniques du la et quelques autres notes). ces fréquences comportant des décimales, ne sonnent pas tjs à "'l'unisson" quand elles sont jouées à l'octave. mais bon, faut chipoter....
3) s'il existe un léger d'assacord entre 2 notes à l'octave, le désaccord sera plus flagrant quand les notes seront aigues. tout simplement parce que quand la fréquence est élevée, la différence de fréquences sera plus grande (écart absolu). (c'est d'ailleurs pourquoi, un si grave de basse est assez difficile à accorder directement avec un piano, il vaut mieux passer par ses harmoniques, comme tout accordage d'ailleurs...).
voilà, les explications.
si ça peut te rassurer, tu n'est pas le seul à ressentir ces différences.
quand je joue. j'accorde parfaitement ma guitare, qui est réglée nickel aux harmoniques et ensuite je joue un peu et je corrige l'accordage, pour qu'il sonne "mieux" à mes oreilles.
en soit, ce n'est pas très grave, car la guitare est un instrument faux : cordes de diamètres différents, frettes posées "approximativement"...
aller, keep cool. c'est comme le jazz. faut s'habituer au jeu out, et après on y fait plsu attention !